無土栽培對病蟲防治，除選用抗病品種及種子消毒外，可培育壯苗，降低濕度，通風(fēng)換氣，采用生物藥劑和化學(xué)藥劑相結(jié)合的綜合防治技術(shù)措施，多種藥劑交替使用，效果顯著，藥效較高。
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1、無土栽培對于根部以上的病蟲害，一般是采用防蟲網(wǎng)和陽光板隔離、物理滅殺（黃板、藍板沾蟲，燈光誘捕）、電功能水滅殺和生物誘殺等方法。
2、對于根部以下的病蟲害一般是采用更換營養(yǎng)液和紫外燈光滅殺的方式，設(shè)備、部件可用0.2%的高錳酸鉀溶液浸泡消毒。
3、無土栽培的基質(zhì)培，每種完兩茬、三茬后的處理方法：隔離，也就是建溫室，加防蟲網(wǎng)，把病害蟲害完完全全地隔離開來；物理除蟲，對于鉆進溫室的蟲子，利用蟲子趨黃光、藍光的特性，在溫室內(nèi)多處懸掛黃板、藍板，用不干膠粘蟲子；用生物誘導(dǎo)，利用昆蟲喜歡的氣味吸引害蟲自投羅網(wǎng)，或被高壓電死或被淹死；采用電功能水（一種較強酸性卻絕對無毒的水）殺蟲滅菌；采用蟲子不吃的轉(zhuǎn)基因品種。以上這些方法都不存在任何毒性殘留，除了第五種方式以外，前面四種是有機農(nóng)業(yè)、綠色農(nóng)業(yè)防治病蟲害的標(biāo)準(zhǔn)配置方式。
4、水培和氣霧培，在實際操作中流動的營養(yǎng)液都是要經(jīng)過滅菌殺毒裝置的。
5、自家陽臺水培，靜止水培用完一茬剩下的殘液含營養(yǎng)成分很淡了，就全部用來澆花澆菜了。管道無土水培在換茬以后可以在營養(yǎng)液儲存槽內(nèi)放置一盞紫外光殺菌燈達到消毒滅菌的作用，兩茬、三茬后，一般將管道和槽內(nèi)的營養(yǎng)液全部換出來，用來澆花澆菜即可。管道用高錳酸鉀溶液浸泡消毒。