無土栽培蔬菜病害主要分生理病害和傳染性病害兩大類。生理病害，生產中只要經常更換新鮮的營養液，即可防治。傳染性病害中，葉部病害基本與露地栽培相同，腐霉菌引起的根腐病很難防治，有些無土栽培農場因此而廢耕。常用的殺菌劑有惡霉靈、多菌靈、甲霜靈等。
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1、惡霉靈：在循環式水培番茄中應用很廣。一般在番茄根系從育苗塊長出時，按1升營養液加惡霉靈20毫克（有效成分），以后每隔6周施用一次，可有效地防治番茄疫病和黃瓜、甜瓜等的根系病害。
2、多菌靈：每隔2周在1升營養液中混入10 毫克多菌靈，可有效地防治水培番茄黑腐病、褐腐病以及維管束病害。
3、甲霜靈：每隔3周按每升營養液中加入10 毫克甲霜靈，連續3次，也可有效地防治番茄根系病害。由疫霉菌引起的草莓紅心病，可用1.6毫克甲霜靈防治，每2周施用一次。芹菜斑枯病用64惡霜·錳鋅可濕性粉劑800倍液，芹菜軟腐病用農用鏈霉素，每升150 毫克。
4、無土栽培中農藥使用濃度一般都很低，只有每升幾毫克到20-30毫克，用量過大或局部濃度過高，會造成藥害。如惡霉靈在超過50毫克/升時，會殺死番茄根系。通過滴灌設備供液的基質培養，可先在貯液桶內把農藥稀釋到所需濃度，混合均勻后再滴入栽培基質中。在循環式水培中要根據養液池的貯液量，分次加入殺菌劑，攪拌均勻后再泵入栽培床，以防局部濃度過高，造成藥害。
5、無土栽培要防止連作障礙及連作后產生的傳染性病害問題，如輪作可減少前期作物留下的病原菌的危害。此外，在營養液中栽培瓜類作物時，如西瓜可用瓠子作砧木，進行嫁接也可起到抗枯萎病的作用。