水分管理是有機生態型無土栽培能否取得滿意效果的關鍵技術之一，要根據栽培作物種類和季節確定灌水定額，并依據栽培作物的大小及基質含水狀況調整灌水量。
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1、滴灌系統 ：有機生態型無土栽培技術是以清水作為灌溉水源，對灌溉系統的要求不象營養液系統那樣嚴格，采用簡易節水灌溉設施可以滿足供水需要。經篩選，薄壁軟管微灌系統成本較低，每畝400多元，可以使用2～3年。較各種滴頭式滴灌系統每畝節約成本1000多元，節約投資60%以上。
2、以單個棚室建立獨立的供水系統，由閥門、主管道、過濾器、水表、微灌帶等部件相聯組成。水源可采用自來水，如果沒有自來水，可以用壓力泵供水。
3、滴灌的鋪設：定植好后接上滴灌軟管，在栽培槽中視槽寬鋪設1～4條滴灌帶，滴灌軟管一頭接在主管上，另一頭扎緊，滴孔朝上平鋪在栽培基質上。并在滴灌帶上面覆蓋塑料膜，防止水噴到走道上，同時還起到降低溫室濕度的作用。
4、定植：定植時要注意防止傷苗和保持適宜的株距。如果是采用營養缽育苗，可以先把營養缽的底去除，然后帶營養缽定植，此法可以避免傷根和減少植株根腐病的發生。株距的確定一般根據每畝定植株數來定，如黃瓜、番茄一般一畝地定植3000株左右，西瓜甜瓜每畝定植1500～2200株，葉菜類根據作物種類而定。